敷金が返還されましたが、修繕費用の名目で減額されています。取り返すことはできますか？

ふつうに使用している中での建物の損耗部分については、借主が修繕費用を負担する必要はありません。

契約書に書いてあっても無効です。

貸主が返還を拒む場合には、少額訴訟を検討してみて下さい（６０万以下）。